荧光原位杂交是一种研究亚细胞水平的RNA分子空间分布的强大方法，同时也是细胞生物学技术领域的基本技术方法。在这种技术中，首先固定细胞中的目标RNA，然后与核苷酸标记互补探针进行杂交，然后通过免疫组织化学方法进行检测。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行，所以特定的原位杂交技术可以应用于病理研究中福尔马林固定或石蜡包埋组织以及冰冻切片中荧光原位杂交的检测。因能进行定性、半定量及定位分析，在异质性明显的组织标本中，原位杂交技术不仅具有较其他常规miRNA分析方法操作简便、费用低廉等优点，同时由于miRNA具有不易降解而在石蜡包埋组织中长期稳定存在的特性，使得荧光原位杂交技术在临床科研中的应用受到越来越多的关注。

荧光原位杂交仪在疾病检测中的应用：

miRNA与肿瘤的发生、诊断、治疗和预后等有着密切关系。肿瘤中超过50% 的miRNAs 基因位于染色体脆性位点或染色体扩增、缺失或转位区域。相比于蛋白质标志物，miRNA表达异常出现的更早，对早期诊断更加有利，也更适合作为作为肿瘤诊断标志物。用荧光原位杂交仪测量miRNA可以显示单个细胞内miRNA的表达，从而提供了描述不同病理细胞中miRNA表达水平的方法。因此miRNA荧光原位杂交主要用于病理的辅助诊断及鉴别诊断、疾病预后评估和指导临床靶向治疗等。

例如，一些黑色素细胞肿瘤在组织学上可能不明确，导致诊断困难，这可能导致良性病变的过度治疗和不必要的心理困扰或恶性肿瘤治疗不足。黑色素瘤中miR-211的表达明显降低可以准确区分恶性肿瘤和良性肿瘤。研究人员通过荧光和显色miRNA原位杂交证实，与痣相比，miR-211在黑色素瘤中的表达降低。此外，这些数据也支持miR-211在具有Spitz形态的发育异常痣和黑素细胞肿瘤中的诊断价值，表明miRNA原位杂交可作为一种新颖的简单辅助检测。