FISH操作灵活，不需要对正在分裂的细胞进行检测，因而能够用来检测基因或染色体是否异常，可用于遗传咨询、DNA特定功能等研究。目前荧光原位杂交技术已经广泛应用于动植物基因组结构研究、染色体精细结构变异分析、病毒感染分析、人类产前诊断、肿瘤遗传学、基因组进化研究、环境菌样分析等众多领域。

荧光原位杂交技术 (fluorescence in situ hybridization，FISH)是一种细胞遗传学技术。该技术通过荧光标记取代同位素标记的原位杂交方法，使荧光探针与染色体结合，并且结合部分的序列显示出高度的互补性。

荧光原位杂交仪的探针有DNA探针和RNA探针，可对动物组织和植物组织中核酸进行检测，特异性较高。

杂交所用的探针大致可以分为三类：（1）染色体特异重复序列探针；（2）全染色体或染色体区域特异性探针；（3）原位杂交仪特异性位置探针，由一个或几个克隆序列组成。探针的荧光素标记可以采用直接和间接标记的方法。

间接标记是采用生物系标记的dUTP经过缺口平移法进行标记；而直接标记法是将荧光素直接与探针核苷酸蔌磷酸戊糖骨架共价结合，或在缺口平移法标记探针时将荧光素核苷三磷酸掺入。